おひとりさんのサイトをかなり参考にさせていただきました。
http://1llc.blogspot.com/
申請受付まで、今日時点でほぼ変わらず同じように出来ました。

細かい所はまたあとで書きますが。
大きな違いとしては、登録免許税が4000円減税されて56000円なので

「登記申請書（会社用）：株式会社，特例有限会社，合名会社，合資会社，合同会社，外国会社」
申請書作成時に減税の根拠となる理由みたいな枠に
「租税特別措置法施行令第４４条の３」と書いてみました＾－＾あってるのか？

http://www.moj.go.jp/content/000011324.pdf

申請書を作成して、オンライン添付で「定款・本店所在地及び資本金決定書」を追加
ファイル名は、teikan.pdf, honkyo.pdfみたいなままだったけどいいのかな？
最後に申請書に署名を行いました！署名後修正したらまた署名します。
（すべて申請書作成ソフトで）

（間違ってたら修正したら良いんだぁと）
「申請」
「到達」
更新を押すと
「受付完了」

次に、免許税、納付。インターネットバンキングかペイジーでできます。
インターネットバンキングを選択すると専用サイトへ移動します。
銀行を選択して、ログインすると法務省宛ての振込処理へ続きます。
三井住友を選択して振込完了 56000円振り込みました。
流れで行けて特に問題なく。

ＯＫっぽいので、銀行で資本金振込をしました。
三井住友の通帳がインターネット用（１５ヶ月閲覧可能）のもので記帳出来ない。。。
ので、普通の通帳に変更（２ヶ月しか履歴を閲覧できない。）
（銀行の人も自分の口座に振り込むのがＡＴＭでカードからできるとか安いとかでも結局出来ず窓口で。）
無事現金で自分の口座に振り込み完了！

払込があったことを証する書面の作り方。書面内容は、下のサンプルより

http://www.sougyou.biz/shihon/set.html

サンプル内容

http://www.moj.go.jp/ONLINE/COMMERCE/11-1.html#03

http://www.moj.go.jp/content/000057850.pdf

＊　紛らわしかったのは、法務省のサンプルが代表社員が法人なので要らない部分があったり
職務執行者は、代表社員が法人のときに必要っぽい。

そんなこんなで月曜日に法務局へ行ってきます。
持っていくものは、
・自分の印鑑証明、実印
・会社の代表者印、印鑑届書は現場でもらう。
・オンライン添付書面送付書（払込があったことを証する書面）
で。

* 自分でオンライン申請すると良いこと
「証明書をとるときにオンラインでできます」これ意外とメリットだなと
あとは、確定申告やらなにやらの処理もたまには出来そうなので
住基カード取って自分でやるのも手間ですが悪くないと思いました。
（自分でやってみるのが好きな方限定ですが）