http://framework.zend.com/manual/ja/zend.search.lucene.overview.html

Zend_Search_Lucene_Field の型
フィールド型	保存	インデックス化	トークン化	バイナリ
Keyword	Yes	Yes	No	No
UnIndexed	Yes	No	No	No
Binary	Yes	No	No	Yes
Text	Yes	Yes	Yes	No
UnStored	No	Yes	Yes	No

使い方によって保存方法を選べますね。自分の場合は、検索だけでデータは、別に保存するので検索して独自のIDだけ取得出来れば大丈夫なので。

$indexFile = '/tmp/myIndex';
$index = null;
if( !is_dir($indexFile) ){
  $index = Zend_Search_Lucene::create($indexFile);
}else{
  $index = Zend_Search_Lucene::open($indexFile);
}

// add to index
$doc = new Zend_Search_Lucene_Document();
// for datastore key
$doc->addField(Zend_Search_Lucene_Field::UnIndexed('myid','abcd1235467890'));
// search index
$doc->addField(Zend_Search_Lucene_Field::UnStored('contents','逆境無頼カイジ 破戒録篇','utf-8'));
// add index
$index->addDocument($doc);

$doc2 = new Zend_Search_Lucene_Document();
$doc2->addField(Zend_Search_Lucene_Field::UnIndexed('myid','xyzd1235467890'));
$doc2->addField(Zend_Search_Lucene_Field::UnStored('contents','Nayutawave Recordsよりリリースする少女時代の公式ペ>ージ。リリース情報やニュース、視聴・試聴コンテンツをご覧いただけます。','utf-8'));
$index->addDocument($doc2);

// たまに最適化
$index->optimize();

これを実行すると以下のようなファイルが生成されます。

$ tree -L 3 /tmp/myIndex
/tmp/myIndex/
|-- _1.cfs
|-- _1.sti
|-- optimization.lock.file
|-- read-lock-processing.lock.file
|-- read.lock.file
|-- segments.gen
|-- segments_d
`-- write.lock.file