とりあえず、書いてみたのですが予想通り。
datastore.Putは db.putの中で呼ばれてるだけなので、やってることは一緒ということで差はありませんでした。
Model , 各 propertyも何か邪魔になるようなこともしていないようで。

50件put
db.Model継承 db.put

319ms 2210cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -254 megacycles.
273ms 2210cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -245 megacycles.
250ms 2210cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -235 megacycles.
334ms 2233cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -271 megacycles.
665ms 2210cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -267 megacycles.

直接 entity作って、datastore.Put。low level api

470ms 2233cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -249 megacycles.
370ms 2186cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -233 megacycles.
252ms 2233cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -234 megacycles.
436ms 2186cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -244 megacycles.
370ms 2280cpu_ms 2000api_cpu_ms | cost -295 megacycles.

ほぼ一緒です。cpu時間に差は出なそうですね。
500件でもほぼ同じでした。

50件GET

db.Model継承 db.get

ms=120 cpu_ms=612 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024207 | cost -224 megacycles.
ms=110 cpu_ms=635 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024856 | cost -194 megacycles.
ms=397 cpu_ms=588 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.023559 | cost -202 megacycles.
ms=908 cpu_ms=612 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024207 | cost -220 megacycles.

datastore.Get直接

ms=202 cpu_ms=612 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024207 | cost -188 megacycles.
ms=118 cpu_ms=588 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.023559 | cost -185 megacycles.
ms=185 cpu_ms=612 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024207 | cost -199 megacycles.
ms=116 cpu_ms=588 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.023559 | cost -194 megacycles.
ms=113 cpu_ms=612 api_cpu_ms=425 cpm_usd=0.024207 | cost -201 megacycles.

こちらも全くもって同じ。