以前更新したもの
http://blog.bbtune.com/archives/194/update-php-5-3-2-for-centos-5-2
は、32ビット用なので上手くいかなかったので、新しいものを利用です。
作業は同じ感じです。

=== PHP 5.3 for 64bit ===

#wget http://download.fedora.redhat.com/pub/epel/5/x86_64/epel-release-5-4.noarch.rpm
#wget http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-5.rpm
#rpm -Uvh epel-release-5-4.noarch.rpm remi-release-5.rpm

# yum --enablerepo=remi install php* mysql*

とやるとエラーになりました。

 You could try using --skip-broken to work around the problem
 You could try running: package-cleanup --problems
                        package-cleanup --dupes
                        rpm -Va --nofiles --nodigest
The program package-cleanup is found in the yum-utils package.

とりあえず要らないだろう？パッケージだったので無視してみる。

# yum --enablerepo=remi install php* mysql* --skip-broken 

5.3.3へアップデート完了

# php -v

PHP Warning:  PHP Startup: Unable to load dynamic library '/usr/lib64/php/modules/oci8.so' - libclntsh.so.11.1: cannot open shared object file: No such file or directory in Unknown on line 0
PHP Warning:  PHP Startup: Unable to load dynamic library '/usr/lib64/php/modules/pdo_oci.so' - libclntsh.so.11.1: cannot open shared object file: No such file or directory in Unknown on line 0
PHP 5.3.3 (cli) (built: Jul 22 2010 17:12:45)
Copyright (c) 1997-2010 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies
    with eAccelerator v0.9.6.1, Copyright (c) 2004-2010 eAccelerator, by eAccelerator
    with Xdebug v2.1.0, Copyright (c) 2002-2010, by Derick Rethans
    with Suhosin v0.9.32.1, Copyright (c) 2007-2010, by SektionEins GmbH

エラーが出るので、それっぽいものを削除する。

# yum erase php-gd-*
# yum erase php-oci*

Running Transaction
  Erasing        : php-oci8                                                 1/2
  Erasing        : php-ZendFramework-Db-Adapter-Oracle                      2/2

Removed:
  php-oci8.x86_64 0:5.3.3-1.el5.remi

Dependency Removed:
  php-ZendFramework-Db-Adapter-Oracle.noarch 0:1.10.6-1.el5.remi

Complete!

とりあえずエラーは出なくなりました。やっぱり使うのだけ入れたほうが良いですね。